Dnia 1 czerwca 1897 roku odbyło się poświęcenie kamienia węgielnego pod nowy kościół przyklasztorny, którego dokonał biskup krakowski kardynał Jan Puzyna. Przy budowie kościoła siostry wykonywały różne prace pomocnicze, a razem z nimi z wielkim poświęceniem pracowała także Matka Małgorzata i czuwała nad całością spraw. W ciągu dwóch i pół lat został wybudowany kościół w stylu neogotyckim pod wezwaniem Matki Bożej Bolesnej, uroczyście poświęcony 7 listopada 1899 roku przez księdza prałata Anatola Nowaka, kanonika krakowskiego a późniejszego biskupa, w obecności ks. proboszcza Andrzeja Knycza, kilku proboszczów z okolicy, wielu zacnych obywateli miasta Oświęcimia oraz licznie zgromadzonego ludu.

Przyklasztorny kościół, jako uprzywilejowane miejsce kultu Bożego, od początku służy Zgromadzeniu, podopiecznym i społeczeństwu. Siostry odprawiają w nim codzienne ćwiczenia duchowne, organizują rekolekcje i różne uroczystości zakonne, m.in: obrzędy pierwszej i wieczystej profesji, jubileusze. Do tego kościoła siostry prowadziły dzieci z ochronki i sierocińca oraz staruszki, którymi się opiekowały, a obecnie przyprowadzają dzieci z przedszkola i świetlicy oraz dzieci i młodzież ze szkół. Do dziś w kościele tym licznie gromadzą się wierni z parafii i okolic na Mszy św. niedzielnej i w dni powszednie oraz na różnych nabożeństwach. Przybywają tutaj również w święto Matki Bożej Anielskiej 2 sierpnia na tzw. odpust Porcjunkuli oraz 15 września na odpust Matki Bożej Bolesnej.